Ειδικά Θέματα Θεωρητικής Πληροφορικής: Αλγόριθμοι Δομικής Βιοπληροφορικής

Εξάμηνο:
8ο
Τύπος Μαθήματος:
Προαιρετικό (ΠΜ)
Κατεύθυνση:
-
Κωδικός:
ΘΠ16δ
ECTS:
6
Διδακτικές Ώρες
Ώρες Θεωρίας:
3
Ώρες Φροντιστηρίου:
1
Ώρες Εργαστηρίου:
-
Μάθημα στις Ειδικεύσεις
Θεμελιώσεις Πληροφορικής (S1):
-
Διαχείριση Δεδομένων και Γνώσης (S2):
-
Λογισμικό (S3):
-
Υλικό και Αρχιτεκτονική (S4):
-
Επικοινωνίες και Δικτύωση (S5):
-
Επεξεργασία Σήματος και Πληροφορίας (S6):
-
Σχετικά Μαθήματα
Σύντομη περιγραφή Μαθήματος

DNA, Αμινοξέα, πρωτεϊνες. Βασικά δόγματα και Γενετικός κώδικας. Δομή μορίων και πρωτεϊνών (πρωτοταγής, δευτεροταγής, τριτοταγής). Δυναμικός προγραμματισμός για την στοίχιση ακολουθιών και την πρόβλεψη δευτεροταγούς δομής RNA. Σύκριση και ταίριασμα γονιδιακών ακολουθιών και 3Δ δομών. Γεωμετρία και πίνακες αποστάσεων για την πρόβλεψη δομής από δεδομένα NMR. Εμβύθιση βεβαρυμένων γράφων σε Ευκλείδειους χώρους. Διαγράμματα Voronoi και Delaunay, εφαρμογή στα α-σχήματα για την περιγραφή της μοριακής επιφάνειας. Ευκλείδειοι μετασχηματισμοί για τις μοριακές διαμορφώσεις. Πειραματικές μέθοδοι για την πρόβλεψη της δομής (Κρυσταλλογραφία ακτίνων Χ, Μαγνητικός συντονισμός πυρήνων). Βάσεις βιολογικών δεδομένων και αναζήτηση σε αυτές. Οπτικοποίηση δομών και άντληση πληροφορίας.

Βιβλιογραφία

Bioinformatics Algorithms (Pevzner): https://www.bioinformaticsalgorithms.org/ (Μετάφραση Κλειδάριθμος)
Durbin et al. Cambridge U Press (Μετάφραση εκδ. Πεδίο)

Σημειώσεις και Διαφάνειες από τον διδάσκοντα.